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山冈一，并且连山冈一的思想也占据控制，更杀害了西条凪的父母（由于被黑暗扎基附身所以十八年过去了也没有老化）。之后，黑暗扎基篡改了山冈一的所有相关资料，给自己取名为石堀光彦而潜入夜袭队作为卧底，等待自己复活的时机。
黑暗扎基吸收了西条凪的光复活后对全世界都造成了很大的灾难，异生兽因子全部活性化，欧美等地区发生了火灾等灾难，西伯利亚地区连续发出了紧急信号。
奈克斯特·奥特曼消灭了异生兽THEONE的5年后。THE ONE的碎片散落到世界各地，化成不同的异生兽。
为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。
就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯奥特曼默默无闻的把异生兽消灭。
在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。
这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。
两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。
浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。
数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合，得到了黑暗巨人的力量，展开多场残酷的死亡游戏折磨着姬矢准和夜袭队。
山冈一，并且连山冈一的思想也占据控制，更杀害了西条凪的父母（由于被黑暗扎基附身所以十八年过去了也没有老化）。之后，黑暗扎基篡改了山冈一的所有相关资料，给自己取名为石堀光彦而潜入夜袭队作为卧底，等待自己复活的时机。
黑暗扎基吸收了西条凪的光复活后对全世界都造成了很大的灾难，异生兽因子全部活性化，欧美等地区发生了火灾等灾难，西伯利亚地区连续发出了紧急信号。
奈克斯特·奥特曼消灭了异生兽THEONE的5年后。THE ONE的碎片散落到世界各地，化成不同的异生兽。
为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。
就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯奥特曼默默无闻的把异生兽消灭。
在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。
这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。
两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。
浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。
数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合，得到了黑暗巨人的力量，展开多场残酷的死亡游戏折磨着姬矢准和夜袭队。